يحدث انحـلال البشـرة الفقـاعي بسبب المتغيرات الجينية، وترتبط المتغيرات المسببة للمرض في أكثر من 20 جينًا مصحوبا بالمرض. تحتوي هذه الجينات على المعلومات التي تُترجم إلى بروتينات مثل الكيراتين والكولاجين واللامينين والإنتغرينات الموجودة في الجلد وتضمن سلامتها ومقاومتها.
يؤثر التباين في الجين على الوظيفة الصحيحة لهذه البروتينات. يمكن توريث انحلال البشرة الفقاعي بإحدى الطرق الثلاث:
الوراثة المتنحية الجسدية ، الوراثة السائدة ، وراثة de novo أو مايعـرف بوراثة الطفرة الجديدة.